バイオインフォマティクスでゲノムワイド関連解析(GWAS)

バイオインフォマティクスを頑張っている方が、本ブログの内容を真似することで、自分のデータで解析ができる情報を提供することが目標です! 今はGATKの解説をメインテーマにしています。

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SNP取得

SNP情報の取得[Samtools mpileup]

Samtools mpileupの使い方 samtools, bcftools, vcftools BAMファイルから変異情報を記述したVCF (Variant Call Format)という形式のファイルをbuildします。全ゲノムスケールの様々な解析にはVCFファイルが前提となることが多いため、GWAS(ゲノムワイド関…