2021-08-01から1ヶ月間の記事一覧
GATK BQSR後のVariant Calling 使用難易度★☆☆☆☆ 本記事は、GATK解説シリーズのPart 10です。 GATK解説シリーズのリンクまとめは↓こちら eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com 今回は何をする？ 前回のGATK VariantFilterationで出力された、*.bqsr.bamを基…
GATK BaseRecalibrator, ApplyBQSR 使用難易度★☆☆☆☆ 本記事は、GATK解説シリーズのPart 9です。 GATK解説シリーズのリンクまとめは↓こちら eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com 今回は何をする？ 前回のGATK VariantFilterationで出力された、merged_snps/…
GATK VariantFiltration 使用難易度★★★★★ 本記事は、GATK解説シリーズのPart 7-2です。 GATK解説シリーズのリンクまとめは↓こちら eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com 今回は何をする？ 前回のGATK SelectVariantsの使い方の続きになります。 GATK Varian…
GATK SelectVariants 使用難易度★★★★★ 本記事は、GATK解説シリーズのPart 7です。 GATK解説シリーズのリンクまとめは↓こちら eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com 今回は何をする？ GATK SelectVariantsを使って、Part 6の記事で得たmerged.vcfファイルか…
vcf2phylip.py 使用難易度★☆☆☆☆ 今回は何をする？ VCFファイルを系統樹作成に使用するnexusやfasta、phy形式に変換できるプログラムです 簡単・短時間で実行できるので、SNPデータを使った系統解析を行う際に大活躍します。 Twitterで記事の更新をお知らせし…
ゲノム解析にちょこっと役立つ、でも知らないと損するツールを箇条書き程度の情報量で紹介します。 dos2unix Twitterで記事の更新をお知らせしているので、興味を持たれた方は是非フォローをお願いします。 フォローする @harrykun_blog CRLFテキストをUnix…
![はてなブックマーク - dos2unixの使い方-知らないと損するツール集 Part１ [dos2unix]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/08/08/dos2unix%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9-%E3%81%A1%E3%82%87%E3%81%A3%E3%81%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E5%82%99%E5%BF%98%E9%8C%B2_Part%EF%BC%91_%5Bdos2uni)
VCF (Variant call format)ファイルの見方 今回は何をする？ 本記事は、VCFファイルを解説する記事の後編です。 前半をご覧になっていない方はこちらからどうぞ。 後編では各バリアントサイトのレコードに付随する項目やスコアについて説明します。 GATK公式…
