ゲノム解析にちょこっと役立つ、でも知らないと損するツールを箇条書き程度の情報量で紹介します。

dos2unix

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ワードやエクセルで作成したテキストファイルをプログラムで使用すると、改行コードがWindow用のCRLF形式で保存されているためにエラーが出ることが頻繁にある。
dos2unixを使って、ファイル形式をASCII形式に変換する。

使用方法の例
インストールする。

conda install -c conda-forge dos2unix

入力ファイルにエラーが出た際に、fileコマンドで元のファイル形式を確認する。

file XXXX.txt
ASCII text, with CRLF line terminators

のようにCRLFとなっているので、これを変換する。

dos2unix XXX.txt

これだけで、ASCII textに変換される。

今回はこれで終わりです。

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