系統解析
主な使用ツール; RAxML-NG, Modeltest-NG, FigTree 使用難易度★★★☆☆ Produce an ML phylogeny by RAxML-NG@Harrykun_blog 今回は何をする？ 前回の記事で取得したSNP情報を基に最尤法による系統解析を行います。 全ゲノムスケールのSNP情報を使用することで…
![はてなブックマーク - RAxML-ngによるSNP系統解析の実践方法 [最尤法] [maximum likelihood]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/09/04/RAxML-ng%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8BSNP%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E8%A7%A3%E6%9E%90%E3%81%AE%E5%AE%9F%E8%B7%B5%E6%96%B9%E6%B3%95_%5B%E6%9C%80%E5%B0%A4%E6%B3%95%5D_%5Bmaximum_likelihood%5D)
コマンドラインでのblastの使い方 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★☆☆☆ このツールで何ができる？ BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) は、類似性のある配列を持つ領域を見つけるツールです。このプログラムは、核酸やタンパク質の配列を任意の配列デー…
![はてなブックマーク - Local blastの使い方 [blastn]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/07/04/Local_blast%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9)
MEGA Xの使い方, 病原体ゲノムデータベース（PlasmoDB）の使い方。 導入難易度★★☆☆☆ 使用難易度★★☆☆☆ この記事を読むと何ができる？ 公共データベースからマラリア原虫のMAF1遺伝子のアミノ酸配列を収集し、それを使って分子系統解析を行う方法を紹介します…
![はてなブックマーク - MEGA Xを使って系統樹を作成する。[MEGA X]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/06/29/MEGA_X%E3%81%A7%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E6%A8%B9%E3%82%92%E4%BD%9C%E6%88%90%E3%81%99%E3%82%8B%E3%80%82%5BMEGA_X%5D)
