マッピング
使用するツール Cat, Trimmomatic, Picard FastqToSam, Bedtools bamtofastq 今回は何をする？ 最近、カバレッジの不足を補うために、別々に実施したWGSデータを合体させて解析に使う機会がありました。 「単純にcatコマンドで合成するだけでできるよ」と共…
FastQC, trimmomatic, bwa, samtools 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★★☆☆ 今回は何をする？ 前回の記事で収集したマラリア原虫のWGSデータを使ってマッピングを行い、BAM形式のファイルを生成します。内容は以前に投稿した下記の記事と重複しますが、これから…
SRA形式からBAMファイル出力までのロードマップ 記事にした作業内容について、自分のメモとして作成している図表を時折アップしていきます。 覚書程度の内容です。 Twitterで記事の更新をお知らせしているので、興味を持たれた方は是非フォローをお願いしま…
BWAの使い方。 bwa mem, samtools sort, samtools index これまでに準備したファイルを使って、BWAを用いたリファレンスゲノムへのWGSデータのマッピングを行います。 今回使う主なコマンドは 1. bwa mem 2. samtools sort 3. samtools index の３つ。 Twitt…
![はてなブックマーク - リファレンスゲノムへのマッピング [BWA]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/06/14/%E3%83%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E3%81%B8%E3%81%AE%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0_%5BBWA%5D)
リファレンスゲノムのダウンロード、インデックスファイルの作成、SRAからfastqおよびfastq.gzへの変換する。 BWA index, fastq-dump, pigzの使い方。 マッピングに必要な準備としてリファレンスゲノムのダウンロード、インデックスファイルの作成、SRA形式…
prefetchの使い方 複数のSRAファイルをprefetchを使って一括ダウンロードする方法を紹介します。 個々のSRAファイルは、accession numberを検索してブラウザから一つずつダウンロードすることも可能ですが、多数のデータを用いる場合に非効率的です。 そこで…
![はてなブックマーク - SRAファイルをまとめてダウンロード [prefetch]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/06/12/SRA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E3%81%BE%E3%81%A8%E3%82%81%E3%81%A6%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89_%5Bprefetch%5D)
