知らないと損するツール集
vcf2phylip.py 使用難易度★☆☆☆☆ 今回は何をする？ VCFファイルを系統樹作成に使用するnexusやfasta、phy形式に変換できるプログラムです 簡単・短時間で実行できるので、SNPデータを使った系統解析を行う際に大活躍します。 Twitterで記事の更新をお知らせし…
ゲノム解析にちょこっと役立つ、でも知らないと損するツールを箇条書き程度の情報量で紹介します。 dos2unix Twitterで記事の更新をお知らせしているので、興味を持たれた方は是非フォローをお願いします。 フォローする @harrykun_blog CRLFテキストをUnix…
![はてなブックマーク - dos2unixの使い方-知らないと損するツール集 Part１ [dos2unix]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/08/08/dos2unix%E3%81%AE%E4%BD%BF%E3%81%84%E6%96%B9-%E3%81%A1%E3%82%87%E3%81%A3%E3%81%A8%E3%81%97%E3%81%9F%E3%83%84%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%AE%E5%82%99%E5%BF%98%E9%8C%B2_Part%EF%BC%91_%5Bdos2uni)
MultiQCの使い方 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★☆☆☆☆ このツールで何ができる？ MultiQCは、他のバイオインフォマティクスツールで生成された結果やログファイルを要約するレポートツールです。 MultiQCを起動すると、指定されたファイルパスを検索して適合す…
![はてなブックマーク - MultiQCで分析結果をまとめてみる。[MultiQC]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/06/22/MultiQC%E3%81%A7%E5%88%86%E6%9E%90%E7%B5%90%E6%9E%9C%E3%82%92%E3%81%BE%E3%81%A8%E3%82%81%E3%81%A6%E3%81%BF%E3%82%8B%E3%80%82%5BMultiQC%5D)
FastQ screenの使い方 導入難易度 低い★☆☆☆☆高い 使用難易度 低い★☆☆☆☆高い このツールで何ができる？ Fastqに対して、任意の数のリファレンスゲノムをマッピングしてリード数を比較することで、ライブラリーの含まれるリード数の組成を%で知ることができる…
![はてなブックマーク - 複数のレファレンスゲノムへのマッピングでライブラリーDNAの組成を知る[FastQ screen]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/06/21/%E8%A4%87%E6%95%B0%E3%81%AE%E3%83%AC%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E3%81%B8%E3%81%AE%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0%E3%81%A7)
Qualimapのコマンドラインでの使い方 バイオインフォマティクスを始めたばかりで、マッピングで出力されたBAMファイルをどうやって評価するか分からず悩んでいる人が大勢いると思います。ブログ主の場合、カバレッジを細かく知る必要があったため、マッピン…
