バイオインフォマティクスでゲノムワイド関連解析(GWAS)

バイオインフォマティクスを頑張っている方が、本ブログの内容を真似することで、自分のデータで解析ができる情報を提供することが目標です! 今はGATKの解説をメインテーマにしています。

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RAxML-ngによるSNP系統解析の実践方法 [最尤法] [maximum likelihood]

主な使用ツール; RAxML-NG, Modeltest-NG, FigTree 使用難易度★★★☆☆ Produce an ML phylogeny by RAxML-NG@Harrykun_blog 今回は何をする? 前回の記事で取得したSNP情報を基に最尤法による系統解析を行います。 全ゲノムスケールのSNP情報を使用することで…

VCFファイルとはなにかを説明します-後編

VCF (Variant call format)ファイルの見方 今回は何をする? 本記事は、VCFファイルを解説する記事の後編です。 前半をご覧になっていない方はこちらからどうぞ。 後編では各バリアントサイトのレコードに付随する項目やスコアについて説明します。 GATK公式…

VCFファイルとはなにかを説明します-前編

VCF (Variant call format)ファイルの見方 今回は何をする? これまでに全くVCFファイルに触れたことのない方に向けて、ファイルを構成する要素を詳しく解説します。 VCFは変異解析に不可欠な要素であり、必ず理解しなければなりません。 初めて見た時の感想…