2021-09-01から1ヶ月間の記事一覧
使用するツール Cat, Trimmomatic, Picard FastqToSam, Bedtools bamtofastq 今回は何をする？ 最近、カバレッジの不足を補うために、別々に実施したWGSデータを合体させて解析に使う機会がありました。 「単純にcatコマンドで合成するだけでできるよ」と共…
GATK FastaAlternateReferanceMakerの使い方 使用難易度★★★★☆ 本記事は、GATK解説シリーズのPart 11です。 GATK解説シリーズのリンクまとめは↓こちら GATKの導入方法から、変異情報の取得までをハプロイドの病原体を使った実例とともに紹介しています。 eupa…
主な使用ツール; RAxML-NG, Modeltest-NG, FigTree 使用難易度★★★☆☆ Produce an ML phylogeny by RAxML-NG@Harrykun_blog 今回は何をする？ 前回の記事で取得したSNP情報を基に最尤法による系統解析を行います。 全ゲノムスケールのSNP情報を使用することで…
![はてなブックマーク - RAxML-ngによるSNP系統解析の実践方法 [最尤法] [maximum likelihood]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/09/04/RAxML-ng%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8BSNP%E7%B3%BB%E7%B5%B1%E8%A7%A3%E6%9E%90%E3%81%AE%E5%AE%9F%E8%B7%B5%E6%96%B9%E6%B3%95_%5B%E6%9C%80%E5%B0%A4%E6%B3%95%5D_%5Bmaximum_likelihood%5D)
