バイオインフォマティクスでゲノムワイド関連解析(GWAS)

バイオインフォマティクスを頑張っている方が、本ブログの内容を真似することで、自分のデータで解析ができる情報を提供することが目標です! 今はGATKの解説をメインテーマにしています。

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GWAS

plinkを使ってゲノムの集団構造を体験する-パート2

plinkの使い方 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★★☆☆ 使用するRのパッケージ: tidyverse, dplyr, cowplot 使用するRのコマンド: read.delim, read.csv, colnames, merge, ggplot, plot_grid この記事を読むと何ができるようになる? plinkを使ったGWAS解析の演習…

plinkを使ってゲノムの集団構造を体験する-パート1

plinkの使い方 導入難易度★☆☆☆☆ 使用難易度★★★☆☆ この記事を読むと何ができるようになる? 今回から2回に分けて、plinkを使ったGWAS解析の演習を行います。まず、国際的なヒトゲノムプロジェクト(1000 Genome Project)により得られたシークエンスデータを公…