2021-01-01から1年間の記事一覧
Qualimapのコマンドラインでの使い方 バイオインフォマティクスを始めたばかりで、マッピングで出力されたBAMファイルをどうやって評価するか分からず悩んでいる人が大勢いると思います。ブログ主の場合、カバレッジを細かく知る必要があったため、マッピン…
SRA形式からBAMファイル出力までのロードマップ 記事にした作業内容について、自分のメモとして作成している図表を時折アップしていきます。 覚書程度の内容です。 Twitterで記事の更新をお知らせしているので、興味を持たれた方は是非フォローをお願いしま…
BWAの使い方。 bwa mem, samtools sort, samtools index これまでに準備したファイルを使って、BWAを用いたリファレンスゲノムへのWGSデータのマッピングを行います。 今回使う主なコマンドは 1. bwa mem 2. samtools sort 3. samtools index の３つ。 Twitt…
![はてなブックマーク - リファレンスゲノムへのマッピング [BWA]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/06/14/%E3%83%AA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%B9%E3%82%B2%E3%83%8E%E3%83%A0%E3%81%B8%E3%81%AE%E3%83%9E%E3%83%83%E3%83%94%E3%83%B3%E3%82%B0_%5BBWA%5D)
リファレンスゲノムのダウンロード、インデックスファイルの作成、SRAからfastqおよびfastq.gzへの変換する。 BWA index, fastq-dump, pigzの使い方。 マッピングに必要な準備としてリファレンスゲノムのダウンロード、インデックスファイルの作成、SRA形式…
prefetchの使い方 複数のSRAファイルをprefetchを使って一括ダウンロードする方法を紹介します。 個々のSRAファイルは、accession numberを検索してブラウザから一つずつダウンロードすることも可能ですが、多数のデータを用いる場合に非効率的です。 そこで…
![はてなブックマーク - SRAファイルをまとめてダウンロード [prefetch]](https://b.hatena.ne.jp/entry/image/https://eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com/entry/2021/06/12/SRA%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E3%82%92%E3%81%BE%E3%81%A8%E3%82%81%E3%81%A6%E3%83%80%E3%82%A6%E3%83%B3%E3%83%AD%E3%83%BC%E3%83%89_%5Bprefetch%5D)
はじめまして、本ブログの主のハリーくんと言います。感染症の分野で研究者をやっています。これまでウェットの実験しかやってきませんでしたが、9ヶ月ほど前からNIHへの留学を機にバイオインフォマティクスを始めました。教科書やインターネットを頼りに独…
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