WGSデータの品質管理[FastQC]
FastQCの使い方
導入難易度★☆☆☆☆
使用難易度★☆☆☆☆
このツールで何ができる?
WGSデータのための必須級品質管理ツールです。
一つのツールで多様な品質情報をアウトプットしてくれます。
私の使用感
別記事で紹介したFastQ screenとFastQCを、結果を得た日のうちに実行して、サンプル自体の品質や調整方法に問題が無かったかを確認します。簡単、迅速、便利なツールです。
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1. ツールのインストール
conda install -c bioconda fastqc
インストールが正しく導入されたか確認する。
fastqc
正しく導入されていれば、GUI版のFastqcが起動する。
今回は使用しないので終了する。
2. 解析の準備に必要な手順
必要な準備は特にない、強いて言えばFastqファイルをダウンロードすることと、それらを一つのフォルダに収納すること。
なお、本ブログの過去記事↓
eupatho-bioinfomatics.hatenablog.com
で作成したマラリア原虫のFastq.gzファイルを例として用いる。
3. FastQCを実行する。
fastqc -t 16 -o /path/to/working/dir/fastqc_reports/ \ /path/to/working/*.fastq.gz
4. 解析結果
以前の記事で紹介したmultiQCで、一まとめにした結果を貼っておきます。
結果の解釈は公式HPに詳細な説明がされています。日本語ではbioinformaticsに、分かり易く説明されています。
公式HPのExample Reportsの欄に良い例と悪い例が載っているので参考にしてください。
今回はこれで終わりです。
忙しい時用にとっておいたFastQCの回を早くも使ってしまいました。。。。
よければ他の記事のも見ていってください。